随着“人类蛋白质组计划”的提出，越来越多的科研人员将关注力放在蛋白质(组)上，蛋白质组学也成为现代生物医学研究的关键途径。
人类基因的全序列测定是科学家近二十年完成的一项伟大的生物工程，然而大部分疾病并非由于基因改变造成，基因组学在疾病预测、治疗方面的直接关联度有限。蛋白质是生命体的功能分子，是指示生物体内状态变化的功能指标。在现代生物医学和相关医疗产品的研究中，全面的蛋白质组的发现、注释和理解成为研究过程中非常宝贵的资料。然而，由于蛋白质组的复杂性和质谱技术的局限性，几十年以来，对蛋白质组进行大规模、无偏、深入和快速测量要落后于基因组水平的研究。
蛋白质组学就像探索深海
相较于成熟的基因组学研究技术，蛋白质组学研究并没有如二代测序一样具备公认、统一、稳定、便捷的方法。其主要原因在于：
（1）蛋白质构成的复杂度（由二十多种氨基酸组成），多级空间结构、海量的翻译后修饰；
（2）蛋白表达种类、水平、后修饰等具有时间和空间特异性；
（3）蛋白质无法通过类似PCR的方法实现扩增，因此，对于低丰度蛋白检出是目前蛋白质组学研究的技术瓶颈之一。
因此，提高蛋白质检测的宽度（种类/通量）、深度（丰度）、广度（样本量），提高数据可信度（灵敏度和可重复性），提高单次检测的效率并降低成本（平台易用性），成为各类蛋白质组学平台所聚焦的核心问题。
创新高深度蛋白质组技术平台
生物质谱（LC-MS/MS）是目前蛋白质组研究的核心工具，利用质谱能高通量实现对几乎所有来源样品的蛋白质鉴定与定量分析。然而，对于样本中的低丰度蛋白检出，是目前生物质谱面临的技术挑战。
应脉医疗独家引进的美国Seer公司Proteograph™平台，利用专有的纳米粒子（Nanoparticle, NP）技术，让高效的、无偏的“非特异性选择”方法成为可能，极大地弥补了质谱法可重复性差、使用分析周期长的弱点。Proteograph™平台利用经过特殊制作的纳米粒子磁珠，在跨数十数量级丰度之间，非特异性地结合各类蛋白，无需额外去除高丰度蛋白，便可以比传统方法提高数十倍的效率对蛋白质进行无偏的吸附提纯。再利用高性能的质谱技术，达到高精度测量。
Proteograph™平台包括试剂和耗材、自动化仪器和数据分析软件，实现了端到端的无缝集成。从样品制备开始，通过将样品与专有的纳米粒子混合，使用自动化仪器进行液体处理工作，可持续运行数百至数千个样本规模的实验。仪器允许在96孔板上使用多个NPs对多个生物样品进行快速、高度的平行蛋白质组学采样。纳米颗粒（Nanoparticle, NP）以无偏的方式捕获样品中的各种蛋白质，然后转化成肽段。一旦样本制备好，然后通过LC/MS质谱仪进行分析，捕获的数据再通过Proteograph™的专有软件进行可视化和分析处理。 理论上Proteograph™可探索的蛋白质种类是无限的，目前在利用Proteograph™进行实验的已发表研究中，其测量数量已达到3000-4000余种（5-10个NP）。Proteograph™为蛋白质组学研究，真正打开了深海的大门。
ProteographTM研究者心得
来自奈特癌症研究所，俄勒冈健康与科学大学的Dr. Mark Flory是Seer公司Proteograph™平台的全球首家合作研究机构。他们拥有来自临床的丰富的生物血样库，正在针对多项前沿的癌症课题展开基于体液的深度研究。Seer无偏、高深度、规模化的蛋白质组学研究平台Proteograph™为Dr. Mark Flory的团队带来了全新的超广视角和巨大便利，本期“真知笃行”，让Dr. Mark Flory讲述使用Proteograph™的绝佳体验：
- 蛋白质组学在液体活检、癌症早筛的关键应用
- Seer Proteograph™在液体活检研究中的巨大优势和团队支持
- 大规模、高质量，让宝贵的科研时间回归思考
- 真实临床样本的研究：前列腺癌的早筛
- 蛋白质组学巨大的探索空间
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欢迎关注应脉医疗，我们将带您对Proteograph™平台和蛋白质组学进行更深的探索
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